MCH kommt im unteren Teil des Hypothalamus vor. Der untere Teil des Hypothalamus wird auch lateraler Hypothalamus genannt. Es tritt genauer gesagt in den Magnocellularen Zellen des lateralen Hypothlamus auf. Magnucellulare Zellen sind im Vergleich zu anderen Neuronen sehr gross. Magnucellulare Zellen sind Neuronen mit nur einer Verbindung. Diese Verbindung ist natürlich ein nächstes Neuron, deshalb führen die Magnocellularen Verbindungen durch das ganze Gehirn.
MCH wurde bei einigen Tieren nicht nur in dem Gehirn, sondern auch in der Milz und dem Thymus gefunden. Bei Säugetieren, also auch dem Menschen, wurde eine geringe Dosis an MCH auch im Blut nachgewiesen.